Biro Organisasi Sekretariat Daerah DIY dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Istimewa Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 1 Tahun 2018 tentang Kelembagaan Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta. Biro Organisasi dengan perangkat paling banyak 3 (tiga) bagian yang mempunyai tugas melaksanakan fungsi pendukung perumusan kebijakan strategis bidang organisasi
Biro Organisasi Sekretariat Daerah DIY merupakan unsur pelaksana penyelenggaraan pemerintahan daerah yang terdiri atas:
- Bagian Kelembagaan dan Tatalaksana mempunyai tugas menyiapkan bahan perumusan kebijakan, pengoordinasian, pembinaan, fasilitasi, pemantauan dan pengevaluasian penyelenggaraan kelembagaan dan analisis jabatan untuk meningkatkan persentase kelembagaan yang tepat struktur dan tepat fungsi.;
- Bagian Reformasi Birokrasi yang mempunyai tugas menyiapkan bahan perumusan kebijakan, pengoordinasian, pembinaan, fasilitasi, pemantauan dan pengevaluasian penyelenggaraan reformasi birokrasi dan melaksanakan ketatausahaan Biro untuk meningkatkan persentase jumlah Perangkat Daerah yang telah melaksanakan reformasi birokrasi dengan baik. dan
- Bagian Standarisasi dan Pelayanan Publik yang mempunyai tugas menyiapkan bahan perumusan kebijakan, pengoordinasian, pembinaan, fasilitasi, pemantauan dan pengevaluasian penyelenggaraan standardisasi serta pelayanan publik untuk meningkatkan jumlah inovasi pelayanan publik sesuai kriteria nasional;