Munculnya lembaga-lembaga tersebut yang cenderung mengalami peningkatan dari tahun ke tahun, maka perlu dilakukan evaluasi mengenai keberadaannya. Hal tersebut dilakukan dengan pertimbangan bahwa agar tidak terjadi tumpang tindih dalam norma, tugas fungsi, serta praktik kerja di lapangan. Sehubungan dengan hal tersebut juga karena lembaga non structural mengandalkan pendanaan dari APBD DIY, meskipun ada juga yang didukung dengan pendanaan dari APBN serta swadaya, namun hal tersebut tetap menjadi pertimbangan dalam melakukan evaluasi terhadap keberadaanya, sehingga ke depan diharapkan penggunaan APBD DIY terhadap operasionalisasi LNS dapat lebih efektif dan efisien. Dengan adanya evaluasi dengan mengidentifikasi dasar pembentukan, tugas fungsi, dan kegiatan serta ouput kegiatan yang dihasilkan, maka dapat diberlakukan beberapa alternatif kebijakan yaitu penghapusan lembaga; pengintegrasian pada SKPD induk, serta peningkatan dan penguatan tugas fungsi lembaga dengan memasukkannya dalam parampara praja (Badan Pertimbangan Daerah).
LNS dapat diartikan sebagai sebagai sebuah lembaga di luar struktur pemerintahan namun dalam koordinasi dan fasilitasi pemerintah daerah, yang dibentuk melalui peraturan perundang-undangan tertentu untuk menunjang pelaksanaan fungsi pemerintah terutama untuk merespon tuntutan atas penerapan good governance, dengan melaksanakan tugas dan fungsi khusus yang tidak bisa dapat dilaksanakan secara reguler, serta dibiayai oleh APBD dan sumber lainnya. Dengan adanya pendanaan dari APBD DIY, maka tugas dan fungsi serta kegiatan yang dilakukan oleh Lembaga Non Struktural di lingkungan Pemerintah Daerah DIY harus bermuara pada visi dan misi Pemerintah Daerah DIY. Pengevaluasian terhadap keberadaan LNS di Pemda DIY melingkupi identifikasi terhadap beberapa hal, yakni:
- Dasar Pembentukan;
- Sumber Dana dan Anggaran;
- Jumlah dan Unsur Sumber Daya Manusia;
- Tugas dan Fungsi;
- Kegiatan; dan
- Output kegiatan.
Dengan identifikasi terhadap beberapa hal terkait keberadaan LNS tersebut maka diharapkan tujuan evaluasi dapat tercapai.