Balai Pengawasan dan Sertifikasi Benih Pertanian;
Balai Pengembangan Perbenihan Tanaman Pangan dan Hortikultura;
Balai Pengembangan Sumberdaya Manusia Pertanian;
Balai Pengembangan Bibit, Pakan Ternak dan Diagnostik Kehewanan;
Balai Proteksi Tanaman Pertanian.
Balai Sertifikasi, Pengawasan Mutu Benih dan Proteksi Tanaman Kehutanan dan Perkebunan;
Balai Kesatuan Pengelolaan Hutan (KPH) Yogyakarta;
Balai Pengembangan Perbenihan dan Percontohan Kehutanan dan Perkebunan.
Balai Pengembangan Teknologi Kelautan dan Perikanan;
Pelabuhan Perikanan Pantai.
Balai Latihan Pendidikan Teknik;
Balai Pengembangan Kegiatan Belajar;
Balai Teknologi Komunikasi Pendidikan;
Balai Pemuda dan Olah Raga;
SMPN 1 Galur;
SMPN 1 Karangmojo;
SMPN 1 Wates;
SMPN 1 Wonosari;
SMAN 1 Wonosari;
SMAN 2 Wates;
SMKN 2 Pengasih;
SMKN 2 Wonosari;
SLBN Pembina Yogyakarta;
SLBN 1 Yogyakarta;
SLBN 2 Yogyakarta;
SLBN 1 Bantul;
SLBN 2 Bantul;
SLBN 1 Gunungkidul;
SLBN 1 Sleman;
SLBN 1 Kulon Progo.
SLBN 2 Gunungkidul
Balai Pengembangan Teknologi Tepat Guna;
Balai Metrologi;
Balai Pelayanan Bisnis dan Pengelolaan Kekayaan Intelektual.
RSK Paru Respira
Balai Laboratorium Kesehatan;
Balai Pelatihan Kesehatan;
Balai Penyelenggara Jaminan Kesehatan Sosial.
Balai Rehabilitasi Terpadu Penyandang Disabilitas;
Panti Sosial Karya Wanita;
Panti Sosial Bina Karya;
Panti Sosial Bina Remaja;
Panti Sosial Asuhan Anak;
Panti Sosial Tresna Werdha;
Panti Sosial Pamardi Putra.
Kantor Pelayanan Pajak Daerah di Kota Yogyakarta;
Kantor Pelayanan Pajak Daerah di Kabupaten Bantul;
Kantor Pelayanan Pajak Daerah di Kabupaten Gunungkidul;
Kantor Pelayanan Pajak Daerah di Kabupaten Kulon Progo;
Kantor Pelayanan Pajak Daerah di Kabupaten Sleman.
Trans Jogja;
Kantor Pengendalian Lalu Lintas dan Angkutan Jalan;
Plaza Informasi.
Balai Pengelolaan Sumberdaya Air Provinsi;
Balai Pengujian, Informasi Permukiman dan Bangunan, dan Pengembangan Jasa Konstruksi;
Instalasi Pengelolaan Air Limbah (IPAL);
Museum Negeri Sonobudoyo;
Taman Budaya.
Balai Latihan Kerja dan Pengembangan Produktivitas;
Balai Hiperkes dan Keselamatan Kerja;
Balai Pengukuran Kompetensi Pegawai
Kantor Perwakilan Daerah;
Gerai Pelayanan Perijinan Terpadu.
